Par l'équipe Omote · Mis à jour le 15 juin 2026
La fonte des semis tue vos plantules en quelques heures, parfois en une nuit. La tige se pince à la base, le plant s'effondre, et rien ne le sauve une fois atteint. La cause, cependant, n'est pas toujours la même : Pythium, Rhizoctonia, Botrytis ou carence en lumière donnent des symptômes distincts qui réclament des réponses différentes. Le tableau de diagnostic ci-dessous vous permet d'identifier l'agent en cause avant d'agir.
Ce qu’est la fonte des semis
La fonte des semis désigne l'attaque des jeunes plantules par des agents pathogènes du sol. Les principaux responsables sont Pythium, un oomycète (pseudo-champignon taxonomiquement distinct des vrais champignons), ainsi que Rhizoctonia solani et Fusarium, deux vrais champignons. Cette distinction est importante : les fongicides classiques, dont les produits cuivrés comme la bouillie bordelaise, n'agissent pas sur les oomycètes. Ces agents pathogènes prolifèrent dans un substrat trop humide, mal drainé ou mal aéré.
On distingue deux formes :
- Fonte pré-levée : les graines pourrissent avant de germer. Le godet reste vide alors que la date de levée est dépassée.
- Fonte post-levée : les plantules s'effondrent après la germination. La tige se nécrose et se pince à ras du substrat.
Les espèces les plus sensibles sont la tomate, le poivron, le basilic, la courgette, le concombre et la plupart des fleurs à semer en intérieur. Respecter le calendrier de semis adapté à votre zone climatique réduit le risque, car des températures trop basses lors de la germination fragilisent les graines et les exposent davantage aux pathogènes.
Tableau de diagnostic : symptôme, cause, traitement
Repérez le symptôme le plus proche de ce que vous observez :
| Symptôme observé | Cause probable | Action immédiate |
|---|---|---|
| Tige pincée et noircie à la base, plant couché, substrat détrempé | Pythium (oomycète, excès d'humidité) | Retirer les plants atteints, stopper l'arrosage 5 à 7 jours. Ne pas utiliser de bouillie bordelaise : inefficace sur les oomycètes |
| Graines non levées, odeur de moisi dans le godet | Fonte pré-levée : sol froid et humide | Augmenter la température (20-22 °C), semer moins profondément |
| Taches brunes à la base, progression lente vers le haut | Rhizoctonia solani (vrai champignon, sol chaud et humide) | Améliorer le drainage, bouillie bordelaise applicable (champignon vrai), éclaircir les semis |
| Duvet gris ou blanc à la surface du substrat | Botrytis ou algues (humidité forte, ventilation nulle) | Aérer immédiatement, saupoudrer soufre mouillable, ne plus brumiser |
| Plantules très allongées, tiges grêles, pas d'effondrement | Manque de lumière (facteur aggravant de la fonte) | Rapprocher d'une source lumineuse ou ajouter un néon horticole |
Prévenir la fonte des semis : les 4 leviers
Une fois la maladie installée, les plants effondrés ne se relèvent pas. La prévention reste la seule stratégie vraiment efficace.
Substrat stérile et drainant : n'utilisez jamais de terre de jardin pour les semis. Un terreau spécial semis du commerce, ou un mélange tourbe/perlite (70/30), garantit drainage et faible charge en pathogènes. Un compost bien équilibré et mûr peut entrer dans la composition à condition d'avoir atteint 55 °C en phase de montée en chaleur, ce qui détruit la majorité des spores et propagules pathogènes.
Arrosage mesuré : le substrat doit rester légèrement humide, jamais détrempé. L'arrosage adapté à chaque stade de culture fait toute la différence. Arroser par le bas, via des soucoupes, limite l'humidité de surface, zone la plus favorable aux champignons et aux oomycètes comme Pythium.
Ventilation : une petite circulation d'air autour des plaques de semis suffit. Évitez les serres fermées hermétiquement une fois la germination lancée. Quelques heures d'ouverture par jour réduisent nettement la pression pathogène.
Densité de semis : semer trop serré crée un micro-environnement chaud et humide. Éclaircissez dès la levée, même si cela coûte quelques plants.
Traitements curatifs disponibles
L'intervention curative vise à protéger les plants encore debout, pas ceux déjà effondrés. Le choix du produit dépend de l'agent identifié :
- Pythium (oomycète) : bouillie bordelaise sans effet. Pythium est un oomycète, pas un vrai champignon : les produits cuivrés n'ont aucune efficacité sur ce type d'agent. L'action prioritaire consiste à stopper l'arrosage, retirer les plants morts et changer le substrat si l'attaque est généralisée. En prévention ou en tout début d'attaque, les produits à base de Trichoderma harzianum (Trichodex, Tusal) colonisent le substrat et limitent le développement de Pythium.
- Bouillie bordelaise : fongicide cuivre autorisé en bio, à réserver aux vrais champignons comme Rhizoctonia solani. À appliquer au pied des plants, pas sur les feuilles. Ne convient pas à Pythium.
- Soufre mouillable : à saupoudrer sur la surface du substrat, principalement en cas de duvet (Botrytis).
- Bacillus subtilis (Serenade, Rhizo-Vital) : biocontrôle qui colonise le substrat et concurrence les pathogènes. Plus efficace en application préventive ou en tout début d'attaque, avec une activité documentée contre plusieurs champignons vrais et une efficacité partielle contre certains oomycètes.
En cas de fonte massive, recommencer avec un substrat neuf et des godets désinfectés à l'eau javellisée (10 %) donne de meilleurs résultats que tenter de traiter une plaque entière déjà contaminée. Pour les semis à venir, l'outil Quand semer indique les fenêtres optimales selon votre zone, pour démarrer dans des conditions de température favorables et limiter le risque dès le départ.
